Tras la contienda militar el fútbol vuelve a Miranda de Ebro, aunque en los primeros años toda la actividad se reduce a encuentros amistosos entre el cuadro rojillo y equipos formados por militares.
 No fue hasta Marzo de 1942 cuando antiguos directivos y aficionados decidieron reorganizar el club. El club partió desde regional, y en 1944, tras laboriosas gestiones de la directiva, presidida por Ramiro Dulanto, se permitió al Mirandés participar en tercera división (concretamente en el grupo III). El debut tuvo lugar el 24 de Septiembre de 1944 empatando a dos goles contra el Vasconia de San Sebastián. Desde entonces, y hasta 1968, el club permanecería en tercera división.