En la temporada 1952-53 el club celebró sus 25 años de existencia. Pero el momento no era ni mucho menos el mejor de la entidad. El club atravesaba por un momento delicado en el plano económico e institucional, lo que incluso hizo peligrar su existencia. Estos avatares produjeron un cambio en la presidencia, a la que accedió Rafael Fernández España, que logró solventar los problemas económicos y llevar al equipo a culminar una gran temporada en lo deportivo, al acabar en tercer puesto, su mejor clasificación hasta entonces.
 Mucho pero rodaron las cosas en la temporada siguiente, donde sólo una reestructuración acaecida en tercera división impidió el descenso rojillo a categoría regional.
 Pero la mejor campaña del Mirandés en esta época corresponde a la 57-58, cuando, bajo la presidencia de Andrés Espallargas, y con Juan Malón como técnico, el club finaliza en segunda posición disputando la fase de ascenso. En la primera ronda logró superar al Amistad de Zaragoza, pero no pudo vencer al Castellón en la siguiente, viéndose obligado a continuar en tercera división.
 A partir de ahí el Mirandés iniciaría una travesía por el desierto de la tercera división, sin pena ni gloria, que se extendería hasta 1968.