El comienzo de la nueva década trae problemas serios al Mirandés, hasta el punto de ver en peligro su continuidad.
 Al acabar la temporada 1980-81 pierde la categoría, la Junta Directiva dimite, y se hace cargo del club una junta gestora encabezada por José Luis Solana. La situación económica era más que preocupante y se optó por una política de ahorro y austeridad, recurriendo a jugadores destacados de Miranda, y a entrenadores locales, tales como Pálix o Grijuela.

El Mirandés a principios de
los años 80 .

Entre apuros económicos, disminución de socios y falta de ilusión de la afición se llegó a la temporada 1986-87, con Felipe Lanero en su segunda etapa como presidente del club. El Mirandés se estrenaba en el nuevo grupo XV de tercera división, compuesto por clubs navarros y riojanos, y logró de nuevo el ascenso a segunda división B.
 Sólo un año lograría el cuadro rojillo permanecer es dicha categoría, y el Mirandés iniciaría la temporada 1988-89 de nuevo en tercera división. Pero el regreso fue efímero ya que el cuadro de Anduva, que comenzó la temporada dirigido por el tándem Iñaki Espizua y Juan Manuel Lillo,logró de nuevo ascender de categoría.
 La temporada del Mirandés en segunda B fue dramática. El cuadro dirigido desde el banquillo por Tomás Balbás no logró certificar su permanencia en la categoría hasta la última jornada, venciendo por la permanencia al Osasuna Promesas.
 Al acabar la temporada Felipe Lanero presentó su dimisión como presidente del Mirandés, y su puesto fue ocupado por José Molinero.
 Pero no pudo repetir el Mirandés su éxito en la campaña siguiente, y de nuevo retornaba a tercera división.
 El 16 de Febrero de 1992 se inaugura la iluminación del Estadio de Anduva. Para festejarlo se organiza un encuentro amistoso internacional que enfrenta al Mirandés con el Dukla de Praga.

Once que logró el ascenso
a tercera división.

En lo deportivo se cernían negros nubarrones sobre el cuadro rojillo, que tras tres años consecutivos en tercera abandonó la categoría, para regresar a ... regional.
 De nuevo la crisis económica,y el fantasma de la desaparición sobrevoló Anduva. En estos delicados momentos Luis Arriola se hizo cargo de la presidencia de la entidad. Dos años duró la estancia del club en regional, y tras una excelente campaña 1996-97, concluyó invicto y retornó a tercera división.

La ilusión de los aficionados renació y comenzaron a albergarse esperanzas de lograr de nuevo el ascenso a segunda división B.
  El primer intento lo haría el Mirandés en la campaña 1999-2000 cuando logró jugar el play-off de ascenso, pero sin conseguirlo.